淮海工学院的王牌专业共有3个,其中国家品牌专业2个,分别是化学工程与工艺专业以及水产养殖学专业;国家重点专业1个,是海洋资源与环境专业。这三个专业是国家级重点学科,也是淮海工学院的王牌专业,更可以说是淮海工学院的人才聚集地。
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