串联质谱标签(TMT)系统可以在一次实验中对多个样品在全蛋白质组水平同时进行定量分析,是应对以上三个挑战非常有效的策略。
TMT标记试剂由氨基反应基团,质量平衡基团,以及报告离子基团组成。每个TMT标签的氨基反应基团的结构式和质量相同,但5个稳定重同位素在不同TMT标签的报告离子基团和质量平衡基团之间的分布不同。被不同TMT标签标记的肽段在质谱一级谱图上有相同的质荷比。经过高能碰撞解离,这些肽段在随后的二级谱图或者三级谱图上产生质量不同的报告离子。这些报告离子实现了对不同样品的准确定量。经过多年的发展,TMT标记试剂从最初的6通道已发展到11通道,但受其结构限制已经无法继续增加通量。
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