南京大学医学院的前身为中央大学医学院,创建于1935年,1949年后改名为南京大学医学院,1951年划归部队系统,1987年经教育部(原国家教委)批准重建,成为教育部(原国家教委)第一所直属综合性大学长学制医学院,2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划,开始试办八年制医学教育,目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家,办学理念和人才培养独具特色。医学院现任院长为张峻峰教授。
据2019年12月学院官网显示,学院设临床医学(八年制)、临床医学( 5+3一体化)和口腔医学(五年制)三个专业。有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站,其中普通外科学为国家重点学科,临床医学为江苏省重点学科。
南京大学医学院以南京鼓楼医院、东部战区医院(金陵医院)、南京口腔医院、泰康仙林鼓楼医院、盐城第一医院、苏北人民医院、南京大学医学院附属南京国际医院 作为附属医院,以南京市各专科医院作为教学医院,并设有南京大学医学院苏州科技城临床学院。
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